本病以手術治療為主。[手術治療]對于>2厘米的腫瘤都應手術切除,原則上要做到R0切除,連同腫瘤假包膜完整切除,切緣距病灶1~2厘米。由于本病極少有淋巴結轉移,因此無需行淋巴結清掃。手術時應特別注意避免腫瘤破潰及擠壓。對于有局部浸潤或腹腔轉移患者,在可根治前提下行聯(lián)合臟器切除術。[其他治療]部分體積小,向消化道腔內呈息肉樣生長的胃腸間質瘤也可以在內鏡下摘除,以達到診斷和治療的目的。
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